Początkowo siostry pod przewodnictwem Katarzyny Gemboszewskiej (siostry Klary) działały jako stowarzyszenie przy
zakonie franciszkańskim. Prymas Maciej Łubieński w 1643 r. zatwierdził fundację klasztoru klarysek chęcińskich. Poczatkowo konwent rozwijał się przy kościele św. Marii Magdaleny, ufundowanym przez burmistrza i miejskich rajców. Był to trzeci z kolei kościół zbudowany w obrębie murów miejskich, w pobliżu bramy miejskiej, przy ul. Niemieckiej. Ksiądz Paulewicz pisał, że mieszczanie ufundowali kościół, chcąc
„zamanifestować swoją zamożność i znaczenie” – dwie starsze chęcińskie świątynie powstały bowiem z fundacji władców Polski, ta miała być pierwszą zbudowaną z pieniędzy „zwykłych” ludzi. Przy tej samej ulicy, w bezpośredniej bliskości kościoła, w pierwszych latach XVII stulecia zbudował swój dom Kacper Fodyga – wójt, murator i rzeźbiarz. Schodząc bezpotomnie z tego świata, polecił
„aby jego dom przekazano na cele pobożne” – odnotował ks. Paulewicz. Jego bratanek, ks. Henryk Fodyga, wypełnił ostatnia wolę stryja i przekazał budynek klaryskom, sprowadzonym tu z Gniezna. W okresie reformacji farę i kościół franciszkanów przejęli innowiercy. W zaistniałej sytuacji kościółek św. Marii Magdaleny przekazano proboszczowi szpitalnemu. Jako szpitalny służył około stu lat, do czasu oddania go klaryskom, co nastąpiło w roku 1673. Szpitalny proboszcz przeniósł się do św. Ducha, a klaryski pod wodzą nowej ksieni, Teresy Bidzińskiej, córki chęcińskiego starosty, przystąpiły do rozbudowy kościoła. Po zakończeniu prac kościół został na nowo konsekrowany przez biskupa laodycejskiego, a zarazem krakowskiego sufragana, Mikołaja Oborskiego.